În 1998, Fox a dezvăluit diagnosticul său din 1991 de boala Parkinson. Ulterior, a devenit un avocat al găsirii unui tratament și a fondat Fundația Michael J. Fox în 2000 pentru a ajuta la finanțarea cercetării. Simptomele înrăutățite l-au forțat pe Fox să-și reducă activitățile și au dus la întoarcerea sa la televiziune în Spin City, când era încă o mare vedetă de cinema. A continuat să apară ca invitat pe televiziune, inclusiv roluri recurente în drama-comedie FX Rescue Me (2009) și drama juridică CBS The Good Wife (2010–2016), care i-au adus recunoaștere critică. A împrumutat vocea pentru rolurile principale în filmele Stuart Little (1999–2005) și în filmul animat Atlantis: The Lost Empire (2001). Ultimul său rol major a fost în sitcomul NBC The Michael J. Fox Show (2013–2014). Fox s-a retras în 2020 din cauza sănătății sale în declin.
Fox a câștigat cinci Premii Primetime Emmy, patru Premii Golden Globe, două Premii ale Gildelor Actorilor și un Premiu Grammy. De asemenea, a fost numit Ofițer al Ordinului Canadei în 2010, fiind inclus în Walk of Fame din Canada în 2000 și în Hollywood Walk of Fame în 2002. Pentru advocacy-ul său în favoarea găsirii unui tratament pentru boala Parkinson, a primit o diplomă onorifică în 2010 de la Institutul Kar