Recunoscută inițial ca un simbol național al sexului, Kapadia a fost dornică să evite stereotipurile și să își extindă gama de roluri de actorie. Ulterior, a acceptat roluri mai serioase într-o varietate de genuri cinematografice, de la mainstream la cinema paralel, și a primit aprecieri pentru interpretările sale în filme precum Kaash (1987), Drishti (1990), Lekin... (1990) și Rudaali (1993), care i-au adus un Premiu Național de Film pentru Cea Mai Bună Actriță și un Premiu Filmfare pentru Cea Mai Bună Actriță din partea criticilor. A continuat cu roluri secundare în Gardish (1993) și Krantiveer (1994), ultimul dintre acestea aducându-i un al patrulea Premiu Filmfare.
Kapadia a continuat să lucreze rar în anii '90 și 2000. A avut un rol minor în Dil Chahta Hai (2001) și a fost remarcată pentru interpretarea rolului titular în producția americană Leela (2002). Unele dintre creditele sale cinematografice ulterioare includ roluri principale în Hum Kaun Hai? (2004), Pyaar Mein Twist (2005), Phir Kabhi (2008) și Tum Milo Toh Sahi (2010), precum și roluri secundare în Being Cyrus (2005), Luck by Chance (2009), Dabangg (2010), Cocktail (2012) și Finding Fanny (2014). Kapadia este mama lui Twinkle Khanna și Rinke Khanna, ambele foste actrițe.