Jean-Pierre Jeunet s-a născut în Roanne, Loire, Franța. A cumpărat prima sa cameră la vârsta de 17 ani și a realizat scurtmetraje în timp ce studia animația la Cinémation Studios. S-a împrietenit cu Marc Caro, un designer și artist de benzi desenate care a devenit colaboratorul său de lungă durată și co-regizor. S-au întâlnit la un festival de animație în Annecy în 1974.
Împreună, Jeunet și Caro au regizat animații premiate. Primul lor film de lungmetraj a fost Buncărul ultimelor focuri (1981), un scurtmetraj despre soldați într-o lume futuristă sumbră. Jeunet a regizat, de asemenea, numeroase reclame și videoclipuri muzicale, cum ar fi Zoolook al lui Jean Michel Jarre (împreună cu Caro).
Filmele lui Jeunet rezonează adesea cu mișcarea cinematografică franceză de la sfârșitul secolului XX, cinéma du look, și fac aluzie la teme și estetică ce implică expresionismul german, realismul poetic francez și Noul Val Francez.
Primul film de lungmetraj al lui Jeunet și Caro a fost Delicatessen (1991), o comedie melancolică plasată într-o lume post-apocaliptică afectată de foamete, în care un bloc de apartamente deasupra unei delicatese este condus de un măcelar care omoară oameni pentru a-și hrăni chiriașii.
Apoi au realizat Orașul copiilor pierduți (1995), un film de fantezie întunecat și cu multe straturi despre un om de știință nebun care fură visele copiilor pentru a putea trăi indefinit. Succesul Orașului copiilor pierduți a dus la o invitație de a regiza al patrulea film din seria Alien, Alien: Resurrectia (1997). Aici, Jeunet și Caro au ajuns să meargă pe căi separate, deoarece Jeunet considera că aceasta este o oportunitate uimitoare, iar Caro nu era interesat de un film care să-i lipsească controlul creativ, lucrând la un film de mare buget de la Hollywood. Caro a ajutat timp de câteva săptămâni, cu