Unul dintre cele mai notabile roluri ale lui McGinley este cel al doctorului Perry Cox în serialul de televiziune "Scrubs," care a fost difuzat între 2001 și 2010. Interpretarea sa a doctorului acerb, dar plin de compasiune, a primit aprecieri critice și a câștigat o bază de fani dedicată. Performanța lui McGinley în "Scrubs" a evidențiat abilitatea sa de a trece fără efort între momentele comice și cele dramatice, făcând din acest personaj unul dintre cele mai remarcabile din serial.
Înainte de "Scrubs," McGinley a apărut în diverse filme, inclusiv "Platoon" (1986), regizat de Oliver Stone, unde a interpretat rolul sergentului Red O'Neill. A colaborat cu Stone de mai multe ori, inclusiv în filme precum "Born on the Fourth of July" (1989) și "Wall Street" (1987). Rolurile lui McGinley în aceste filme au demonstrat gama și versatilitatea sa ca actor.
De asemenea, a apărut în alte filme notabile, cum ar fi "Office Space" (1999), "Any Given Sunday" (1999), "Identity" (2003) și "Se7en" (1995), printre altele. Performanțele lui McGinley lasă adesea o impresie de durată, iar el a fost lăudat pentru abilitatea sa de a aduce complexitate și profunzime personajelor sale.
Pe lângă munca sa în film și televiziune, John C. McGinley a făcut și apariții în producții de teatru. A jucat pe Broadway în piese precum "Requiem for a Heavyweight" și "Glengarry Glen Ross."
Dincolo de actorie, McGinley a preluat roluri ca producător și scriitor. A co-scris și a produs filmul "Colin Fitz Lives!" (1997) și a fost producător executiv pentru "Scrubs."