Pe măsură ce cariera sa a evoluat, a preluat roluri mai diverse, jucând în filme apreciate de critici, cum ar fi Drugstore Cowboy (1989), Singles (1992), There's Something About Mary (1998) și Crash (2004), pentru care a primit o nominalizare la Premiul Academiei pentru Cel mai bun actor în rol secundar.
Dincolo de actorie, Dillon și-a făcut debutul regizoral cu City of Ghosts (2002) și a continuat să lucreze în film și televiziune, inclusiv având un rol principal în seria Wayward Pines (2015). Cariera sa se întinde pe decenii, evidențiind versatilitatea sa atât în roluri dramatice, cât și comice.